تنوع عمل المركز في جانب العدالة الانتقالية إلى عمل بحثي، وحوارات مباشرة، واستطلاعات رأي، وزيارات للدول للاطلاع على التجارب المقارنة:
2012 مشروع توطئة نحو العدالة الانتقالية
عمل فريق العمل في هذا المشروع على بلورة رؤية للعدالة الانتقالية ، فيها بيان فلسفة العدالة الانتقالية، ودورها في صناعة الاستقرار لا سيما في خضم الانتقال الذي تعيشه البلاد
2013 زيارات لدول عاشت تجربة العدالة الانتقالية
قام الفريق يزبارة بعض الدول التي عاشت تجربة العدالة الانتقالية، ومحاولة الاستفادة منها، فتمت زيارة المغرب، 2012، والجزائر ، وألمانيا 2013.
2014 آليات تنزيل العدالة الانتقالية
قام فريق المركز بوضع استبيان حول العدالة الانتقالية وآليات تطبيقها في ليبيا، وبعد تحليل البيانات قدم الفريق دراسة حول تنزيلها ، والاحتياجات التي يتطلبها هذا الخيار، والنتائج التي تترتب عليها في ملف المصالحة الوطنية